یکی از کارهای مهم شیخ بهایی بنای مسجد مشهور چهار باغ است. این مسجد چون در مسیر یکی از کانالهای آب زاینده رود قرار داشت و امکان پی ریزی ساختمان عظیم وسنگی آن مواجه با اشکال میگردید. همچنین ساختمان مذکور نمیتوانست روی سطح مرداب و لجنهای موجود در اطراف آن قرار گیرد و امکان هر گونه خطر برای ساختمان و علی الخصوص برای دیوارهای جانبی گنبد و منارهها وجود داشت (این کانال هنوز از وسط مدرسه چهار باغ اصفهان عبور میکند) بنابراین وی دست به یک ابتکار زد.