یکی از کار‌های مهم شیخ بهایی بنای مسجد مشهور چهار باغ است. این مسجد چون در مسیر یکی از کانال‌های آب زاینده رود قرار داشت و امکان پی ریزی ساختمان عظیم وسنگی آن مواجه با اشکال می‌گردید. همچنین ساختمان مذکور نمی‌توانست روی سطح مرداب و لجن‌های موجود در اطراف آن قرار گیرد و امکان هر گونه خطر برای ساختمان و علی الخصوص برای دیوار‌های جانبی گنبد و مناره‌ها وجود داشت (این کانال هنوز از وسط مدرسه چهار باغ اصفهان عبور می‌کند) بنابراین وی دست به یک ابتکار زد.
شیخ برای اجرای صحیح این کار پیشنهاد کرد که نخست مقدار زیادی زغال چوب به ضخامت ۲ متر در سرتاسر پی ساختمان پراکنده گردد وپس از کوبیدن زغال در کف پی‌ها روی انرا با ساروج وشفته پر کرده وپی‌های ساختمان را روی ساروج وشفته مذکور بنا نهاد. این روش که عبارت است از استفاده از زغال چوب برای پی ساختمان‌های روی مرداب ولجن زار بعد‌ها مورد توجه اروپاییان قرار گرفت و پی و شالوده ساختمان‌های عظیم خودرا بدین طریق ساختند. هنوز هم در بعضی از نقاط به همین روش عمل می‌کنند.
ضمنا، چون باید ملات گل ساختمان مسجد بهم درآمیخته و با پا و سایر وسایل به خوبی مخلوط شود و از آنجا که هر چه ملات بیشتر پا بخورد چسبندگی گل بهتر شده و خوب عمل می‌آید از این رو به دستور شیخ بهایی ابتکاری برای هرچه بیشتر پا زدن گل‌ها بکار برده شد که ملات بنای مسجد هر روز زیر پای مردم و کودکان اهل اصفهان بلا وقفه پا بخورد وبه هم مخلوط وآمیخته گردد. ابتکار شیخ بهایی این بود که دستور داد هر روز صبح چند سکه‌ای طلا را در داخل ملات‌ها بریزند و سپس به مردم اطلاع دهند که بیایند و سکه‌ها را برای خود بیابند. مردم گروه گروه ملات‌ها را از صبح لگد مال کرده و تا غروب آنروز تعدادی سکه برای خود می‌جستند و بدین ترتیب ملات‌ها کاملا به هم آمیخته و به قول معمار‌ها عمل می‌آمد.
